锅炉上使用的脉冲袋式除尘器即使设计、制造的再好，但是如果运行方法不恰当，也会造成严重的后果。
（1）首先锅炉除尘器使用，为了防止用油点炉时油烟堵住除尘布袋的空隙，使除尘器失去除尘的效果，常常在点炉时需要退出除尘器或者使油烟走旁路管道。
（2）布袋在使用前需要喷涂，喷涂前必须要开启引风机，而且在温度上要在40%上面，在涂灰要求上也需要注意，一定不能投入脉冲阀，防止破坏最初灰层。除尘器要想使用，一般在起炉后入口烟气温度大于120℃，锅炉无大油时，就可以投入除尘器就运行了，这个时候需要时刻注意锅炉压负的变化。
（3）在运行方面，锅炉除尘器的启动和停机时两个非常重要的环节。有很多除尘布袋过早破损的原因就是启动和停机的方法不对。新装的或者已经很长时间停止运行的除尘器在启动时，滤料会处在酸露点以下，从而会受到冷凝物的危害，容易形成常久性的堵塞。
因此，采取措施尽可能的保护滤料，直到达稳定的运行温度是很重要的。
（4）布袋除尘器停机时，如果停机时间短，不应当为除尘布袋清灰，并注意除尘器保温。
如果停机时间长，应当为所有除尘布袋清灰，须利用引风机和鼓风机把袋式除尘器内残留的酸性气体清除。
（5）在布袋除尘器运行期间应经常检查除尘器的压差，因为系统压差是除尘器总性能的较佳标志，而各个分室的压差则是相应的除尘布袋状况标志。
压力降如果突然增大或减少就可能意味着布袋堵塞、布袋有漏洞、阀门不动作、清灰系统不正常或灰斗过满。这时就立即行动，隔离该分室并解决问题，以防布袋破损。
（6）为保持除尘器长期良好的运行，做好日常维护工作是很重要的。
因此，应对压差、脉冲阀、输灰系统、灰斗振动器和阀门的运行情况，阀门控制器、电磁阀、限位开关、风机、马达和以表的运行是否良好等做定期检查。
此外，还应注意检查是否有粉尘堆积在花板的洁净侧、布袋状况、会斗中灰的积聚、灰斗加热器的性能，提升阀的密封等情况。
（7）车间安装的除尘器一般布置在锅炉出口和引风机之间，如果在老锅炉房改造中要增设除尘器，可能因为受条件的限制，也可将除尘器设置在引风机之后的正压覆上，但是这样安装的方法会对引风机的磨损较为严重。
锅炉除尘器的布置可根据条件安装在锅炉间或专设的辅助间，在少雨的地区也可在露天安装，但须采取适当的防腐措施，增加除尘器使用的寿命。
